Hal inilah kemudian menghambat proses difusi inovasi dalam berbagai bidang terutama dalam budidaya pertanian, perkebunan, perikanan, dan peternakan serta lambatnya peningkatan taraf hidup masyarakat adat. Selain itu, masyarakat adat tidak banyak memperoleh manfaat ekonomi, pandangan negatif terhadap transmigran asal, penolakan terhadap program ini, tentu menimbulkan masalah sosial, politik dan keamanan.
Perbedaan latar belakang sosial dan tingkat budaya menyebabkan masyarakat adat cenderung terpinggirkan atau kalah dalam proses peningkatan kesejahteraan, sehingga menimbulkan rasa frustrasi, perasaan tidak suka/tidak suka, rasa iri dan dengki oleh masyarakat adat terhadap transmigran asal, serta dipolitisasi oleh beberapa pihak untuk berbagai kepentingan.
“Selama konflik sosial ini masih terjadi, maka perencanaan sosial belum sepenuhnya tepat dan belum berhasil sebagaimana yang diharapkan, misalnya belum adanya perencanaan sosial untuk meningkatkan interaksi sosial dalam masyarakat yang majemuk seperti yang banyak ditemukan di lokasi transmigrasi,” tutur Methodius Kossay.
Belum lagi ketentuan aturan yang mengakomodir hak-hak masyarakat adat dan masyarakat transmigran yang akan tinggal dan menetap di lokasi transmigrasi. Terutama dalam hal batasan-batasan tempat tertentu seperti tempat ritual atau keramat sebagai tempat nenek moyang atau leluhur dan hak ulayat masyarakat adat setempat yang menjadi pusat dan mata pencaharian sehari-hari dalam penghidupannya.
“Apabila kondisi ini tercipta, maka tidak menutup kemungkinan akan timbul hal-hal yang berbau ras, rasisme, prasangka, dan stereotip sehingga timbul persepsi dan perilaku yang negatif terhadap anggota masyarakat atau kelompok etnis yang ada,” tandasnya.
Diapun mengatakan keresahan dan konflik di daerah transmigrasi sering dijumpai dan menjadikan proses perkembangan penduduk menjadi suatu hambatan dan pada umumnya bersumber dari perebutan sumber daya, kesempatan ekonomi, sumber kehidupan penduduk, dan berkaitan dengan motif utama kedatangan transmigran yang bersifat ekonomi.