Namun sikap Majelis Rakyat Papua Selatan sudah sangat jelas menolak dengan tegas. ‘’Karena kami fokus untuk melihat kesejahteraan orang asli Papua. Dan bagi kami MRP, bagaimana keberhasilan Otsus Papua itu,’’ jelasnya.
Melalui pernyataan sikap, yang dibacakan Koordinator Lapangan (Korlab) Umum, Maksi You, menegaskan bahwa program itu digagas untuk kepentingan elit politik Jakarta. Pasalnya sebelum wacana transmigrasi ini muncul sudah lebih dulu negara mengagas Proyek Strategis Nasional (PSN) salah satunya pembukaan lahan persawaahan di Merauke, Papua Selatan.
Yanes mengatakan pihaknya memberikan pernyataan tegas dan menolak transmigrasi, pengiriman penduduk dari pulau Jawa ke Tanah Papua. Karena itu pihaknya menilai dampak negatif yang terjadi justru sangat banyak dan berpotensi akan terancam punah ras melanesia di Tanah Papua.
Karena itu, lanjut Keliopas Ndiken, agar rumah yang sudah dibangun itu dapat ditempati warga yang sudah didata masuk ke dalam rumah-rumah itu, maka perlu dibangun akses jalan dan embung-embung untuk menampung air hujan dalam memenuhi kebutuhan warga. Â
Ini juga yang menjadi akar konflik agraria selama ini di Papua. Masalah batas wilayah masih menjadi debat kusir diberbagai daerah. Masing-masing pihak saling mengklaim terlebih khusus di Daerah Otonomi Baru (DOB). Batas tanah antara kabupaten kabupaten baru, maupun provinsi baru di DOB masih menjadi masalah serius untuk diperhatian oleh pemerintah pusat, jadi bukan soal transmigrasi.
Diapun mengatakan program transmigrasi di Papua ini sudah dilakukan sejak lama, akan tetapi sampai saat ini masih menimbulkan beebagai persoalan. Persoalan utamanya antara lain belum tepat sasarannya program pastoral, strategis, kebijakan dan sosial budaya untuk memperkuat proses integrasi sosial, interaksi sosial dan keakraban jaringan sosial lintas ras, suku dan etnis dalam masyarakat yang majemuk ini.
Menurut Frits, jika program transmigrasi tidak dikaji baik. Ia akan menimbulkan kemiskinan baru dan mengakibatkan problem hak ulayat masyarakat asli Papua yang dibawah secara paksa dengan tidak manusiawi.
Alasannya juga beragam. Mulai dari persoalan lahan, interest sosial hingga pengabaian hak- hak masyarakat lokal. Kesimpulannya program ini perlu dikaji lebih matang dan dijelaskan lebih detail untung ruginya bagi masyarakat di agar tidak menimbulkan masalah dikemudian hari, terlebih Papua masih kental dengan kearifan lokal.
  Menurutnya, pihaknya tidak menentang program transmigrasi itu, namun pemerintah pusat perlu melakukan kajian terkait dengan kebermanfaatannya bagi orang asli Papua. Karena dengan mendatangkan penduduk lain dari luar Papua ke wilayah Papua hanya menambah persoalan dan tidak menyelesaikan akar persoalan dan kesenjangan yang terjadi dan dialami oleh orang asli Papua saat ini.
