Pemerintah Kota Jayapura saat ini memiliki 29 potensi PAD yang secara langsung dikelola oleh sejumlah OPD di bawah kendali Bapenda. Namun dari jumlah tersebut ada sekira 13 potensi PAD yang selama ini dikelola Pemkot Jayapura terancam hilang, sehingga hanya akan tersisa 19 objek pajak dan retribusi yang akan dikelola pemkot Jayapura.
"Berdasarkan undang-undang yang terbaru, pungutan retribusi untuk izin trayek ini sudah dihapus. Selanjutnya dikembalikan kepada Dinas Perhubungan selaku OPD teknis untuk bisa melakukan kajian.
"Target kami tahun ini bisa menyumbang PAD sebesar Rp 160 juta berdasarkan 2 obyek sumber pendapat pertama dari penjualan balai benih perikanan ditargetkan sumbang PAD Rp 100 juta dan kedua dari Pangkalan Pendaratan Ikan (PPI) Depapre Rp 60 juta,"ucapnya, Senin (14/8)kemarin.
“Untuk peruntukannya/penggunaanya terbagi dalam 3 program yakni program penyelenggaraan sumber daya air, program pengelolaan dan pengembangan sistem penyediaan air minum serta program penyelenggaraan jalan
  Kepala Badan Pendapatan Asli Daerah (Bapenda) Kota Jayapura, Adolfina Taniau SE, MM menjelaskan, dalam upaya mengejar target pendapatan asli daerah di Kota Jayapura ini, pihaknya tentu melakukan berbagai upaya. Salah satunya menetapkan target bulanan yang harus dicapai oleh Bapenda.
Nantinya kata Bentar pemerintah akan mencetak karcis atau retribusi dan penarikan langsung dilakukan oleh pemerintah. Sedangkan hasil selama satu bulan nantinya dibagi dua dengan pemilik ulayat dengan pembagian 60 untuk pemerintah sebagai pihak yang membangun sedangkan 40 persen untuk pemilik ulayat.
Kepala Badan Pengelolaan Pendapatan Daerah (Bappenda) Provinsi Papua Setiyo Wahyudi mengungkapkan bahwa realisasi Pendapatan Asli Daerah (PAD) Provinsi Papua mencapai 43,44 persen