Tiap tahunnya penerimaan peserta didik baru (PPDB) untuk sekolah negeri selalu menjadi rebutan orang tua maupun para siswa. Salah satu sekolah negeri yang menjadi rebutan di Kota Jayapura adalah SMAN 4 Jayapura. Sekolah yang berlokasi di, Kelurahan Entrop, Distrik Jayapura Selatan ini selalu menjadi primadona bagi siswa SMP yang ingin melanjutkan pendidikannya ke jenjang menegah atas.
 Menurut Eka, jumlah peserta didik baru yang melakukan pendaftaran di website resmi Sekolah SMAN 3 Jayapura berjumlah 210 siswa, kemudian yang mengikuti tes hanya 168 siswa. Ia menjelaskan pada tanggal, 10 Juni pihaknya menyelenggarakan tes CBT untuk siswa baru. Sementara tanggal 12 Juni sudah dilakukan pengumuman hasil tes dan 14-15 Juni dilakukan tes wawancara terhadap peserta yang dinyatakan lulus tes CBT.
  Pemerintah Kota Jayapura diminta mengevaluasi menyeluruh terkait persoalan pendidikan di Jayapura terlebih momentum pendaftaran siswa baru. Pasalnya hampir setiap tahun ada saja masalah yang timbul. Mulai dari mahalnya biaya pendaftaran hingga zonasi yang hingga kini masih amburadul.
Pengumuman Hasil Seleksi Penerimaan Perserta Didik Baru (PPDB) di tingkat SMK tahun ajaran 2024/2025 telah selesai. Sebanyak 453 siswa baru dinyatakan terima di SMKN 3 Jayapura dari jumlah 681 orang siswa melakukan pendaftaran. Kemudian yang hanya melakukan validasi data sebanyak 524 calon siswa. Menariknya, dari sejumlah calon siswa baru ini, terdeteksi ada yang menggunkan Narkoba jenis ganja.
  Adapun yang menjadi dasar permasalahan PPDB ini, karena perbandingan sekolah, antara jumlah sekolah SMA negeri dengan SMP di Japsel tidak berimbang. "Bayangkan SMP di Japsel ini banyak, kemudian SMA Negeri cuma satu, pastinya tidak imbang, apalagi masyarakat lebih mendominasi ingin sekolah negeri," kata Anton.
Ketua PPDB SLB N-1 Jayapura, Tirza Fien Gagola, MM, mengatakannya bahwa pendaftaran di sekolah tersebut tidak kalah jauh berbeda dengan sekolah reguler. Tetapi yang berbeda kata Tirza adalah ada beberapa persyaratan yang mungkin di sekolah umum tidak ada.
  Untuk itu, dia meminta kepala sekolah di Kota Jayapura supaya menjadikan hal ini sebagai catatan penting agar dapat melakukan inovasi-inovasi untuk meningkatkan kualitas di sekolah masing-masing. Inovasi yang dilakukan ini dapat mempengaruhi kualitas lembaga pendidikan, sehingga terjadi pemerataan terhadap mutu dan kualitas pendidikan itu.
Kepala Dinas Pendidikan Kabupaten Jayawijaya Natalis Mumpu, Amd,Sos menyatakan perang yang terjadi tak hanya melibatkan 2 suku saja tapi ada beberapa suku bahkan dari luar Jayawijaya, sehingga berimbas bagi siswa sekolah yang saat ini masuk pada tahun ajaran baru dari SD ke SMP, SMP Ke SMA/SMK, SMA,/SMK ke Perguruan tinggi .
Anton menjelaskan untuk pendaftaran ulang dilakukan beberapa tahap diantaranya tahap pertama dibuka untuk jalur afirmasi Port Numbay dan Putra Daerah. Kemudian jalur zonasi, dan hari terakhir jalur prestasi dan pindahan tugas atau mutasi.
 Sebagai tenaga pendidik, guru juga bertanggungjawab tidak hanya kemampuan kognitif dari anak berkebutuhan khusus, tapi juga bertanggungjawab membentuk mental dan karakter si anak. Dengan begitu, harapan tumbuhnya rasa percaya diri dari anak berkebutuhan khusus bisa meminimalisir atau bahkan menghilangkan perundungan yang dialaminya.
