Masalah keluarga atau perkawinan, minimnya pastoral berbasis data, kurangnya pemahaman umat akan iman, liturgi, katakese, ekonomi umat yang masih kurang, kepemimpinan yang kurang reponsif. Serta hal lain yang perlu dievaluasi kedepannya.
Selain itu secara eksternal umat di Papua saat ini terus mengalami konflik sosial yang berkepanjangan, kekerasan TNI/POLRI dan TPNPB yang berdampak pada arus pengungsian yang cukup besar.,
Kehadiran perusahan asing yang berkolaborasi dengan negara yang berdampak buruk pada lingkungan hidup, hutan dan tanah milik masyarakat, meningkatnya praktek korupsi, kolusi dan nepotisme (KKN), munculnya isu suku, agama, ras, antar golongan, dan konsumerisme, hedonisme, alkoholisme, seks bebas yang jumlahnya semakin meningkat dari hari ke hari.
Sambil tetap berusaha untuk memperbaiki kekuarangan-kekuarangan yang ada, Uskup Yan ingin mengingatkan beberapa hal untuk diperhatikan; diantaranya Gereja (kombas, paroki dan dekanat) perlu memberikan perhatian lebih terhadap pelestarian budaya Papua melalui kegiatan-kegiatan gereja.
Program pastoral di semua tingkat mesti memperhitungkan semua aspek dalam kehidupan umat; aspek pendidikan, kesehatan, ekonomi, HAM, lingkungan hidup, kerja sama dan dialog dengan gereja-gereja lain, agama lain, tokoh-tokoh adat, pemerintaah, serta semua pihak yang berkehendak baik.
Keterlibatan semua pihak/unsur (anak-anak, remaja/kelompok misdinar, calon-calon seminaris, biarawan/ti, kaum tertahbis maupun kaum awam lainnya seperti guru-guru agama dan kelompok profesional lainnya) dalam tugas-tugas di gereja mesti menjadi komitmen kita bersama.
“Di tengah kita berusaha memperbaiki yang masih kurang, dalam rangka menyongsong kelahiran Yesus Sang Emanuel, saya mengajak para pastor dan umat sekalian untuk terus mengandalkan kekuatan iman akan Yesus Kristus yang mempersatukan kita,” ungkapnya.
Adapun umat katholik kata dia bahwa orang-orang yang telah mengambil bagian dalam kehidupan Allah Tritunggal (Bapa, Putera dan Roh Kudus) berkat sakramen baptis yang telah dimeteraikan serta berkat keterlibatan dalam tugas-tugas Gereja (imam, raja dan nabi).
“Semua harus terus membangun kesadaran bahwa kita adalah bagian dari persekutuan gereja sebab gereja adalah kita dan karenanya kita wajib berjuang bersama gereja untuk mendatangkan kebaikan bersama untuk semua,” ujar Uskup Yan.
Adapun masa adven ini menjadi kesempatan berahmat yang layak digunakan untuk memantapkan diri bagi kelahiran Sang Mesias di hari Natal. Ajakan pertobatan penginjil Lukas hendaknya menjadi semangat dasar dalam mengisi masa adven yang akan dijalani.
“Bertobatlah dan berilah dirimu dibaptis dan Allah akan mengampuni dosamu, seperti ada tertulis dalam kitab nubuat-nubuat Yesaya: Ada suara yang berseru-seru di padang gurun: Persiapkanlah jalan untuk Tuhan, luruskanlah jalan bagi-Nya.