Kepala Perwakilan Ombudsman RI perwakilan Papua Yohanes B.J. Rusmanta, mengatakan pihaknya setiap tahun adakan pengawasan PPDB dengan membuka posko aduan. Bagi orang tua murid yang mengalami masalah dengan penerimaan siswa baru bisa melapor ke Kantor Ombudsman.
Sekolah kekurangan murid bukanlah fenomena baru. Gejala ini terjadi sejak lama. Sebelum pemberlakuan penerimaan peserta didik baru (PPDB) dengan sistem zonasi, kekurangan murid lebih banyak dialami sekolah-sekolah swasta.
Salahsatu permasalahan yang ditekankan adalah zonasi, dimana sejumlah pendaftar yang tinggal sesuai zonasi justru tak diterima di sekolah negeri tersebut. Mereka juga menduga, anak-anak yang diterima di SMA Negeri 1 Mimika kebanyakan adalah titipan pejabat dan orang-orang berduit yang tidak masuk dalam zonasi.Â
Meski belum mencapai target, namun pihaknya optimis, ditahun ajaran 2024/2025 ini, bis amencapai target yang diinginkan. Disebabkan, saat ini SMKS YPK 1 Pariwisata Biak, hanya menunggu konfirmasi lanjutan dari pesrta didik, dan masih ada waktu di minggu kedua bulan Juli ini.Â
Kepala Sekolah SMA Satria Jayapura, Salahudin mengaku hingga saat ini perserta didik baru yang mendaftar di sekolah itu baru 8 orang. Jumlah itu berasal dari, dua orang yang melakukan pendaftaran secara online dan enam orang dilakukan pendaftaran secara manual.
SMPN 1 Sentani tidak melakukan PPDB secara online untuk membantu orang tua yang tidak memiliki handphone android atau tidak tahu caranya mendaftar secara online. Pernah dilakukan PPDB online namun banyak keluhan dari orang tua tidak bisa caranya dalam mendaftar secara online.
Kepala SMPN 9 Jayapura, Anggoro Subiakto, S.Pd menyampaikan hadirnya ratusan orang tua siswa itu ke SMPN 9 Jayapura bertahap. Tahap pertama dan kedua dikhususkan untuk perserta didik baru yang dinyatakan lulus sementara.
Kondisi itu dirasakan sekolah berikut ini yakni SMAN 7 Jayapura di Distrik Heram dan SMA 45 Jayapura di Distrik Japsel. Kedua sekolah tersebut masih membuka pendaftaran bagi perserta didik baru yang mau dan ingin melanjutkan sekolah di jenjang SMA.
Albertus Fiharsono mengungkapkan bahwa dalam draf peraturan gubernur Papua Selatan terkait pengelolaan pendidikan di Papua Selatan, salah satu pasal dimasukan untuk anak-anak yang masuk ke KPGN Khas Papua Merauke tersebut dengan ikatan dinas. Artinya, pembiayaan ditanggung oleh pemerintah daerah asal dan lulusannya nanti seluruhnya kembali ke daerah masing-masing untuk membangun pendidikan di daerahnya.
 Perempuan bergelar Sarjana Ekonomi itu mengatakan meski PPDB ini mengacu pada tiga persyaratan, seperti jalur prestasi, zonasi, dan mutasi, akan tetapi pada setiap persyaratan ini harus diutamakan putra putri papua terlebih khusus port numbay. Sehingga kemudian tidak menimbulkan perosalan, bahkan hingga pada pemalangan sekolah.